• HÍREK
• BEMUTATKOZÁS

• LABORATÓRIUMOK
• MUNKATÁRSAK

• KUTATÁS
• INFO

• HU
• EN

Fehérjkrisztallográfia kurzus

A molekuláris biológus MSc. hallgatók számára Röntgendiffrakciós szerkezetvizsgálat - fehérjekrisztallográfia (AOMBRDV2) kurzus indult

Tantárgy célja, kompetenciák:: MSc hallgatóknak a röntgendiffrakciós szerkezet-meghatározás alapjainak megismertetése és annak bemutatása, hogy hogyan lehet a diffrakciós eredményeket a biomakromolekulák működésének megértésére felhasználni. A kurzusban a felhasznált matematikát szemléletesen tárgyaljuk. Gondot fordítunk, hogy a hallgatók megismerjék a fehérje-krisztallográfiai adatbázis (PDB) és néhány grafikus program használatának alapjait.

  Előadók: Barna Teréz DE TEK Genetikai és Alkalmazott Mikrobiológiai Tanszék, Bényei Attila DE TEK Fizikai Kémiai Tanszék 

Tematika:

1. Bevezetés. A röntgendiffrakció helye a biomakromolekulák vizsgálatában, összevetése az NMR és egyéb módszerekkel. Hazai krisztallográfiai műhelyek. - LETÖLTÉS
2.  A röntgensugárzás előállítása, tulajdonságai. Helyi sugárforrások, európai szinkrotronok elérhetősége. Hullámok tulajdonságai. A diffrakció jelensége. A Fourier transzformáció és tulajdonságai. SAXS és EXAFS. - LETÖLTÉS
3. A mikroszkóp és a diffrakció analógiája. A DNS szerkezetének felderítése. A krisztallográfiai fázisprobléma.
4. Szimmetria, nem krisztallográfiai szimmetria, egykristályok, kristályrács, aszimmetrikus egység, elemi cella. - LETÖLTÉS
5.  Egykristályok növeléseFehérjék kristályosításának alapjai. A kristályosítás termodinamikája és kinetikája. Fázisdiagram és a kristályosítás értelmezése fázisdiagramon. Fehérjekristályosítás a gyakorlatban, praktikák és fortélyok. - LETÖLTÉS
6. A szerkezet-meghatározás menete I. Kis molekulák, adatgyűjtés, adat/paraméter arány, szerkezet megoldása és finomítása. Direkt módszerek a fázisprobléma megoldásában. - LETÖLTÉS
7. A szerkezet-meghatározás menete II. Fehérjék szerkezetvizsgálata. A fázisprobléma megoldása fehérjék esetén. Izomorf helyettesítés, MR, MAD, SAD. - LETÖLTÉS
8.  Detektorok típusai, diffraktométerek, szinkrotronok. Adatgyűjtési lehetőségek fehérje kristályokon. A fehérjeszerkezet megoldása és finomítása, R_free.
9. A szerkezet meghatározás eredménye: kötésszögek, kötéstávolságok. Fehérjék szerkezeti elemei, a peptid kötés, aminosavak, oldalláncok.
10.  Másodlagos kötőerők, a hidrogén kötés szerepe fehérjék szerkezetének stabilitásában, példák, Másodlagos, harmadlagos és negydleges szerkezet.
11. Szerkezetek validálása. - LETÖLTÉS
12. Krisztallográfiai adatbázisok: CSD és PDB, internet, grafikus programok
13. Krisztallográfiai programok, a CCP4.
14. Az enzimek működése molekuláris szinten. Esettanulmányok, a kataláz és a riboszóma. Szerkezet és működés. - LETÖLTÉS
15. Oxidoreduktázok működése. Esettanulmány: egy fehérje szerkezetmeghatározása. Expresszálás, tisztítás, kristályosítás, adatgyűjtés, megoldás, finomítás

 Ajánlott irodalom:

1. Glusker, Jenny P: Elementary X-ray Diffraction for biologists. In International Union of Crystallography Teaching pamphlets No 15. , http://www.iucr.org/education/pamphlets/15
2.   Messerschmidt, Albrecht: X-ray Crystallography of Biomacromolecules. A Practical Guide, Wiley, 2007
3. Glusker, Jenny P., Lewis, Mitchell, Rossi, Miriam: Crystal Structure Analysis for Chemists and Biologists, Wiley, 1994.
4. Rupp, Bernhard: Biomolecular Crystallography, Garland Science, 2010.

Hírlevél